A la mort de son père adoptif, Allen Walker, jeune garçon né avec un bras "marqué du Sceau de Dieu", a tellement de chagrin que cela attire l'attention de l'infâme Comte Millénaire. Il lui propose de ramener son âme de l'au-delà et de l'enfermer dans un corps métallique de son invention : pour cela, il a seulement besoin d'un cri de détresse du jeune Allen.... Le corps métallique prend alors vie, mais Mana Walker a été réssucité sous la forme d'un Akuma, une arme vivante commandée par le Comte Millénaire : il maudit alors Allen, lui gravant un étrange pentacle sur le front, et le blesse gravement à l'oeil. Le bras du garçon s'active alors et détruit ce qu'est devenu son père. Désormais, les cheveux d'Allen sont blancs et son oeil lui permet de distinguer les Akumas parmi les Humains.
Quelques années plus tard, à 15 ans, après un long apprentissage aux Inde auprès d'un mystérieux Général, Allen entre dans la Congrégation de l'Ombre, une organisation dont le but est d'exterminer les Akumas, en tant qu'Exorciste, son bras étant lui-même une arme anti-Akuma. Accompagné d'autres exorcistes, comme la belle Lenalee et l'orgueilleux mais puissant Kanda, il accomplira de nombreuses missions, avec pour but ultime d'anéantir une fois pour toutes le Comte Millénaire, en utilisant les incroyables pouvoirs de l'Innocence, le métal divin...
